Ну у Вас же "сидят" в себестоимости налоги на ФОТ? Вот и это туда же примерно.
Отдельной строкой выделять в отгрузочных накладных сбор Вы можете только для морального удовлетворения и чтобы объяснить клиентам, отчего цена такая. И однозначно не стоит выписывать отдельную накладную на "компенсацию сбора", т.к. на любое обдиралово у нас есть государственная монополия.
Хотя креативно!