Я думаю, что надо рассмотреть все варианты, в т.ч. и те, которые кажутся странными.

Ведь свидетельство налоговая выдала законно? Значит, теперь они должны его аннулировать. Понятия "ошибочно выданное" в НКУ нет, (проверили лично ), соответственно, теперь свидетельство надо аннулировать. Аннулировать его с 01.01.? Но они не могут его аннулировать "задним" числом. Короче, где-то так...